漳州守将杀齐使，坚守不出。
第七兵团尝试几次强攻，发现伤亡过重，遂转为围困。
“聚十三万战兵（十万为明降军），砌筑八十七座木寨，环树二层栅木，外挖两重沟濠，增设火炮三百八十七门，舰船一百零二艘，棋布星列，浑如铁桶，日夜敦促明贼纳降。”（《南游录》第二卷·第74页）
十月初五日，倭国朱印船五十艘至厦门外海，装载倭兵海贼，援助漳州。
第七舰队佯装撤退，放倭船入九龙江，随即封锁出海口。
初八日，倭船行抵九龙江北港(距漳州府城不足十里），突遭两岸齐军炮兵夹击，满天炮火瞬间摧毁倭船旗舰出云号。
幸存舰船急忙后撤，至江口，又遭受帝国第六舰队截击。
五十艘倭船，两千余倭寇，最后在厦门外海全军覆灭，沉入海底。
漳州围城日久，外援断绝，明军搜刮百姓藏粮，不从者皆处死，城中斗米直五十金。
城中粮尽，食人炊骨，死者不计其数。
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