令设检察院、友爱寺。都察院由前明的都察院发展而来，主掌监察、弹劾及建议。友爱寺掌刑狱案件审理，由前明大理寺发展而来。友爱寺、检察院、刑部因同掌司法，合称中央三司。
此外，大齐废除前明官制六科给事中（即言官），废除掌侍从，原先的谏诤、补阙、拾遗、审核、封驳诏旨等职责，由训导官负责，御史亦被废除。
在地方，大齐延续从元代便开始施行的行省制，仍旧为省、府、县三级，省府县三级主官由皇帝直接任免，县以下为乡、村，乡村皆为农会、商会选出代表直接管理。
大齐行政机构，远期规划为三京八十一省（包含安南、朝鲜、日本行省），三京为中京（天心城）、东京（平壤）、南京（雅加达）。
八十一省除关内三十六省外、还有辽东四省、蒙古五省，朝鲜三省、倭国十省、安南国六省、真腊国(今柬埔寨)三省、暹罗国(今泰国)六省、占城国(今越南南部)三省、苏门答剌(今苏门答腊岛八昔)两省、爪洼国(今爪哇岛)三省、湓亨国(今马来半岛)两省、三弗齐国(今苏门答腊岛巨港)三省、渤泥国(今文莱)两省····
其中，均州（顺天府）一带的直隶府合称直隶。
各省最高行政长官为巡抚，下有承宣布政使司、提刑按察使司和行都指挥使司（合称地方三司）
大齐与前明在军事方面的差别，后文会详细介绍，这里暂时不表。
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太初三年三月，武定皇帝颁布诏令，委任原吏部侍郎葛业文为河南巡抚，南明降官路振飞为湖北巡抚，两人在洛阳谢恩后，立即分赴开封、襄阳，走马上任。
为加强对新占领区的统治，避免大军东征朝鲜期间后院起火，各府州县的官员都换成开原系老人，一大批从学堂毕业的训导官、商会学徒进入府州县衙门任职。
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