等到上岸，等到三人登上那金柑岛的码头并收起了‘乘龙’拉普拉斯后，没等进城，随之发生的事情却是让小智、小霞和小建三人都有些始料不及！
因为，皮卡丘和波克比竟不知道是怎么一回事，竟在刚刚上岸后不久，就直接和大家翻了脸？
它们无视了小智和小霞俩的呼喊不说，竟还直接不管不顾地和一群同样行为怪异的宝可梦一起，朝着金柑岛上城市的某个方向快速跑去，而当小智跑去呼喊阻拦时，竟然还被皮卡丘给用电击攻击了？
而正当三人面面相觑并有些不知所措时，随着一阵警笛的响起，随着一个英姿飒爽的女警疾驰而至，他们三人才总算知道了事情有蹊跷，知道了最近金柑岛上发生的一系列怪异事情。
但很不幸的是，他们三人也成了最近怪异事情的‘受害者’，而刚刚皮卡丘以及波克比的离去就是那最近岛上发生的怪异事情之一？
于是！
不得已，和那女警一样，都不知道到底是发生了些什么，也不知道皮卡丘和波克比去了哪里的三人，只得在心下担心皮卡丘和波克比的同时，不得不齐齐跟着那个女警员一起，回到金柑岛的警局去做个笔录，顺便看看能不能得到什么更多的线索。
然则……
他们不知道的是，此时，在金柑岛上，同样的事情还在发生着，而那些突然暴走和失去控制的宝可梦们，则正在朝着某个严禁外人入内的工厂里涌去，并最终消失在了里边。
当然，那些事情就并不重要，重要的是：在那个严禁外人入内的神秘工厂里，两个穿着跟火箭队的小次郎和武藏差不多的服饰，但是却是另外一个颜色的家伙正凑在一个监视器的屏幕前使劲地摆弄着些什么、
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