而对于原子数目较多的体系，其计算时间可以说在相同的计算条件下，是按照指数级进行疯狂增长的。
因为模拟分子面临的最大挑战是计算化合物的基本能态，即必须模拟出每个原子内每个电子与其他所有原子的原子核间相互作用。
这种相互作用遵循的是微观层面的量子力学原理，复杂而宏伟。
因此，对传统超级计算机来说，模拟出这些量子特性的分子结构不仅要消耗大量能量，而且随着分子内原子数增加，模拟愈加困难。
如果很难理解这一点的话，用最简单的话来说。
即对一个分子的模拟计算，其计算次数是11，那么增加到两个分子，其计算次数会增加到22，增加到三个分子，其计算次数会增加到33.......
依次类推，对于复杂的大分子团进行计算，其计算次数会陡然增加到一个超级计算机都无法处理过来的程度。
这也是为什么目前的量子化学发展缓慢的原因，以目前的计算力，很难以在当前的量子化学的各种计算理论上支撑起它的计算和发展。
当然，缺点这么大，它的优点自然也不会小。
首先，量子化学的计算是基于量子力学对分子的薛定谔方程求解，理论上来说它不需要除基本常数外的参数，具有普适性。
其次，它可以研究化学反应中的电子转移和优化，也可以预测模拟分子的激发态和紫外吸收电子光谱。
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