在这个世界里，舰娘作为保护人类的第一道防线，在各大海域持续活跃着。
他们主要对抗突然出现的海中敌人海妖塞壬和因为异变而产生的各种异兽。
这其中，塞任作为和舰娘同源的敌人，大家已经能够熟练的与其对抗，但是变异的异兽，作为新出现的敌人，让各个海域的人类都遭到了或大或小的损失，舰娘也因为是遭到新的敌人，暂时也采用保守的策略与其对抗。
所以目前的局势就是，没有与塞壬的大规模交战，总体保持对峙状态，然后就是根据情报委托去清理偶尔出现的变异异兽。
见舰娘作为人类，现在绝对的战斗力，人类的高层为了能够更好的把控这一强大的力量，决定派遣一个代表，代表人类指挥这些舰娘。
但是一般人类在能够控制这么强大力量的情况下，或多或少会脱离控制，所以，人类高层为了能够更好的控制这种力量，他们选择的人也是能够比较好控制的那种。
经过层层选拔……吗？
其实就是早已准备好的内定，一个只有十几岁的小男孩被选做了指挥官。
他被教授了各种必要的知识，但是由于年龄和性格的影响，是人类高层认为的，能够完全掌握的人。
而且就一直以来情况来看，给一个小男孩的确是很好把握的，而且也能够很好的统领舰娘作战。
在在小男孩指挥官的带领下，舰娘们经过两年的作战，已经清理了人类居住海岸附近的大部分大型异兽，所以现在进入了一个相对和平的阶段。
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