老滑头教授那神秘岛的秘密公开，意味着神秘岛不再秘。
他将继续航行在地球的海洋里。
海洋环境不像人类普遍认识的那样平静。在过去不断的报道中有各种不知名的怪物。比如金刚与哥斯拉，就曾经在人类的影视剧中出现。
其实那不是单纯的影视剧，那是根据现实改编的影视剧。在人类历史中，真真正正的出现过。
不过为了不引起过度的恐慌，当时的地球各国政府将这一段历史慢慢的隐藏起来不再提及和淡化，只有最高等级的机密文件资料里才会有记录，据研究表明估计哥斯拉很快又得还需要地球了，因为科学家研究发现，哥斯拉是有进化的阶段，每300年一次，今年正好是哥斯拉再次爆发的年份。
为了应对这巨变的一年，神秘岛这个航空母舰就出现了。当然宇宙航行才是他的终极目标。不过现在当务之急还是海洋。
据资料所记载1954年，人类发现因为核武器而被唤醒、具有超强破坏力的巨兽“哥斯拉”，并试图使用核弹将哥斯拉消灭，然而最后只能使哥斯拉沉睡在太平洋深处。以后各国便联合以研究彻底消灭怪兽之方法。1999年某矿区发生地震，在陷坑中发现了虫形怪兽“MUTO（穆托）”的石化卵囊，还发现有只孵化的穆托已经逃逸。从这以后，地球就出现了哥斯拉。他以地球的核辐射为食，后来又经过进化逐渐的聪明起来。
因为海洋压力的性质，人类不可能达到那个度。所以一直对哥斯拉都没有你详细的研究资料。只能被动的，等到他出现的时候。才能够进行研究和对抗。
每当哥斯拉出现的时候，就是人类危机时期。
“母亲”第一个任务就是监测和对付哥斯拉。
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