经历了本部攻防战事件后，NERV日本本部损毁严重，原总司令碇源堂、技术开发部负责人赤木律子被认定KIA。
NERV日本本部解散，【NERVJAN】成立。
葛城美里接过指挥权担任司令代理，并在三年后正式晋升为总司令。
伊吹摩耶担任技术开发部技术局一课负责人。
除第一适格者绫波丽以外，又有三名绫波丽克隆体被投入使用，担任以量产机残骸改装而成的零号机试制II式改的驾驶员。
以及，名为‘星壳’加尔卡的牙买加男性加入NERVJAN成为编外战力·终极泛用人型决战兵器‘巨神殖装’（GIGANTIbsp;XD）驾驶员。
三年间，星壳与主角方关系日益融洽，成为同生共死的战友和挚友。被星壳所救的二号机驾驶员明日香更是倾心于星壳。
在经历了一系列事件后，初号机逐渐觉醒进化，一步一步成为最终号机。
但具体如何取代原驾驶员碇真嗣得到EVA最终号机的所有权这件事，星壳没有对任何人讲起。
他只是说自己运用惊世智慧和无上勇气打动了主角方，最终拿到了这件神级命具。
但巫毒在接触星壳不久后就知道，仅凭星壳自己绝对做不到降服神级命具。
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