而是单单派遣九架EVA量产机和复制朗基努斯之枪强行攻入地下要塞。
这一切的改变都是因为加持良治。
这个本应该在剧情中死去的男人竟然奇迹般地逃过了谍报部的追杀，活下来并揭露SEELE的内幕给国联和日本政府。
因为NERV特殊调查部所属的加持的活跃，SEELE打算用战略自卫队强制占领NERV、使用EVA量产机强制执行人类补完计划的事全都在事前就被察觉。
SEELE打算执行【人类补完计划】、以及其计划的全貌内容(全人类变LCL橙汁)这两件事极大地冲击了国联和日本政府，预定要侵攻NERV日本本部的战略自卫队被介入中止。
不过因为内部有SEELE的间牒的关系，国连与日本政府陷入了混乱状态，在支援对策迟迟无法决定的情况下，NERV日本本部只能独力应对不知何时会造访的与SEELE的决战。
面对SEELE的奇袭，NERV日本本部只有初号机可以迎击，零号机再生中，二号机驾驶员精神崩溃，战力差达到了令人绝望的程度。
因此NERV本部开始加速实用化原本被SEELE冻结的【AT领域制御用实验机】研究，这个研究项目又被称作F型EVA装备。
就在初号机和零号机紧急更换F装备时，量产机来袭。
危急时刻，原本为了避难而置于地下湖底的二号机和驾驶员明日香如同旧剧场版的原有剧情一样觉醒，摆脱了精神崩溃并全力迎击量产机。
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