但随着科技的进步，这个说法基本都被推翻了。因为人类并不是由上帝创造，而是自然演化的结果。
这必然会造成信仰和科学的冲突。
这里有一个很有名的例子，1859年，达尔文的《物种起源》刚一问世，就立刻在思想界掀起了一场轩然大波。人们信仰了上千年的创世观遭到了颠覆性的冲击。保守的学界和宗教人士对达尔文的“异端邪说”大肆挞伐，却无法阻止这场革命的蔓延。当风暴终于在大洋彼岸的美国登陆后，它改变的不仅是美国的学术进程，也改变了美国高等教育的面貌。当进化论抵达美国后，科学界和宗教界立刻对其做出了完全不同的反应。现在的学者们普遍认为，美国科学家在很短的时间里就接受了达尔文进化论。尽管当时的学术权威路易斯·阿加西拒绝接受进化论，认为其缺少根据，但这不能阻止他的同事和学生热情洋溢地支持达尔文的思想。早在1869年，美国哲学协会就授予了达尔文荣誉会员，相当于是“官方认可”了，这比欧洲学术机构对达尔文的正式认可早了很多年。虽然科学界对达尔文的支持越加普遍，但宗教界的反对之声却在不断高涨。
一些批评达尔文的人缩短了人类进化的过程，将人的进化说成是从“从各种可爱的胡萝卜变异”而来的；另有一些人认为，达尔文提出人类祖先是类人猿，而不是上帝，这是对人类莫大的侮辱。尽管这些评论看起来荒诞可笑，但不能简单地认为是出于无知。实际上，宗教势力不余遗力地攻击进化论，与其说是因为无知，更多是因为恐惧。
那么宗教人士害怕的是什么呢？
总的说来，他们害怕的有两点：信仰的丧失以及道德约束力的摧毁。由于进化论涉及到了整个自然和人类社会的演变，神圣和理想的目标似乎一下子被逐出了人们生活的舞台。达尔文主义彻底否定了上帝造万物的预定论，因而一切以其为基础的价值观、道德观也会随之土崩瓦解。所以，从19世纪六七十年代以及80年代早期，宗教势力竭尽全力地试图扼杀在美国高校中蔓延的进化论，必要时甚至采用威胁和攻击的手段。宗教会议警告大学董事会，董事会要求校长拒绝聘请认同进化论的教师。他们以布道坛和宗教刊物作为阵地，迫使学院和教师遵守规定，改正错误。一场新旧思想的交锋势必将成为捍卫学院的斗争。
然而，这种交锋并没有变成一场正面对决。教会对学院的强大影响力，的确给学院造成了不少困难，但宗教势力反对进化论的态度其实并非始终如一，在正统与异端之间有着很大一片模糊地带。教会态度的模糊是很多方面的因素造成的。美国原本就没有统一的基督教会，各派别对进化论的接受程度不一样；不同学院和教会的紧密程度也不一样；此外，教会的态度也取决于学者或校长捍卫学术声誉的决心和能力。在这种捉摸不定的环境下，学者们往往搞不清学术的安全界限和正统观念的范围在哪儿，总是“不小心”就越过了界限，结果是许多温和的进化论者反而率先沦为牺牲者。我们先来看看最保守的神学院中的情况。1857年，南卡罗来纳州的哥伦比亚长老会神学院聘用了保守的詹姆斯·伍德罗，出任自然科学教授一职。
这位伍德罗教授始终致力于调和科学与神学之间的矛盾，但进化论的出现却使他的工作陷入困境。董事会开始怀疑伍德罗接受了进化论思想，于是要求其公开阐述立场。尽管伍德罗巧妙地使用《圣经》打消了董事会的疑虑，但教会还是抓住了他论述上的一个微小“漏洞”，并迫使董事会将其辞退。教会给出的解释是伍德罗的解释虽然不违背《圣经》，但与长老会的解释相抵触。当然，伍德罗的事件仅表明了，当时最保守的神学院对新思想的恐惧。相比之下，在更开明的东部学院里，科学和宗教之间的关系则要和谐很多，进化论的思想也更容易被学院接受。在1880年的耶鲁大学教师名单中，就有好几位是进化论者；而同时期的哈佛大学，在校长查尔斯·艾略特的带领下，正在成为进化论的大本营。
但实际上，即使是在这些学校中也存在一个思想冲突的领域。尽管这个领域也同样模糊，但学院的牧师院长们却一直在努力维持着这之间的界限。一旦冲突发生，他们就宣布：“进化论到此为止。”
可人为的控制并不奏效，一旦允许进化论进入大学，此后就很难对其进行封锁和禁止。19世纪末发生在耶鲁大学的波特—萨姆纳事件就是明证。
波特是耶鲁大学校长，他曾在1872年不顾宗教势力反对聘用了“离经叛道”的萨姆纳教授。但是在1879年，波特要求萨姆纳放弃使用英国思想家斯宾塞的《社会学研究》作为教科书，引发双方冲突。
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