但是突然爆发的灾难让一切都乱了套，玩家所控制的主角只能在城市中一遍搜索寻找逃离的办法，一边被迫战斗拯救无辜者，同时也被动地探寻这一切灾难的真相。
第二阶段是选择阶段。
在这一阶段，玩家要做出大量的选择，比如是否撒谎，是否改造，如何回应NPC的要求等等。
这一阶段大致可以从击败谎言猎人之后开始。
虽说在谎言猎人之前，玩家们就已经进行过撒谎或者不撒谎的决定，但之后还有扭转和改变的机会。但随着剧情的不断推进，很多选择将会逐渐积累，并难以改变，并影响到最终的结局。
在第二阶段，玩家将逐步深入真相，接触到灾难背后的始作俑者，各种神秘教派，以及让人陷入疯狂的古神。
第三阶段是揭秘阶段。
在探索完毕查尔顿市的大部分区域之后，玩家可以解锁一些特殊的地图，这些地图大多都是隐秘之地，比如用古神子嗣进行实验的学院、古神被发现的废弃港口等等。
探索完这些古神相关地图之后，玩家会再次回到查尔顿市，而此时的查尔顿市将会发生变化，尤其是大教堂会成为最终战的场景。
在这个阶段，剧情基本上得到了全面的展现，各方的阴谋被揭开，玩家也会根据之前的选择迎来最终的结局。
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