总兵府有八科，即钱粮、马政、兵甲，车驾，武选，赏功，军籍、边防八科。
至于十二房，有账籍、告身、仪仗、符勘、武学等。
八科是总兵府的职权机构，每科设左右都事各一名，为正七品。
而十二房则是总兵府的助理团，简单点说十二房是专门为总兵服务的，专门为总兵处理各种日常政务。
比如账籍房，这个账是指总兵府内部的账目，籍也是指总兵府内部的官吏籍贯。
而整个重山镇的账目则由钱粮科管理，营兵的军籍由军籍科管理，军户的户籍由都司衙门管理，不归总兵府管。
当然，都司衙门要受总兵府管辖。
从职权来说，总兵就是重山镇的最高长官，可插手重山镇的所有军政事务。
负责练兵、领兵、调兵，可以说是领兵权和调兵权一把抓，有些事权专一的意思。
这也代表着总兵拥有制霸一方，拥兵自重的可能性，所以朝堂又设立了巡抚。
巡抚与总兵的职权有着很大的重合，巡抚同样有权插手所有军政事务，同样可以练兵，领兵，调兵，甚至巡抚调兵的合法性还在总兵之上，因为巡抚大多兼任都察院和兵部的官职。
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